Obec Lipník svojí polohou v České republice plošně leží v jižní části Moravy. Územně se nachází v jihovýchodní části samosprávného Kraje Vysočina, přibližně uprostřed okresu Třebíč.
Lipník se nachází v jihovýchodní části okresu Třebíč a leží ve středu okresu Třebíč na náhorní planině v převážně zemědělsky využívané krajině s velkým množstvím rybníků, které jsou významným krajinným prvkem.