Ercole Bernabei studoval v Římě u Orazia Benevoliho. V letech 1653 až 1665 působil jako nástupce varhaníka Luigiho Rossiho v kostele San Luigi dei Francesi.
V letech 1684 až 1688 působil jako varhaník u Christiana Ernsta von Brandenburg-Bayreuth, markraběte z Bayreuthu. Poté přešel do služeb bavorského kurfiřta Maximiliána II.