V prvním tisíciletí se do Bhútánu rozšířila škola vadžrajánového buddhismu z jihu bengálské říše Pála. V 16. století sjednotil Ngawang Namgjal údolí Bhútánu do jednoho státu.
Bhútán je jednou z mála zemí, které byly v celé své historii nezávislé. Nikdy nebyl dobyt, obsazen nebo ovládnut vnější mocí, byť k takovým invazím možná docházelo v předhistorické době (z království Kamarupa nebo Tibetské říše).