S první manželkou Mirkou Čibenkovu má syna Jakuba, který působí také jako herec a režisér. Další manželkou Juraje Nvoty byla slovenská herečka Anna Šišková, společně měli dceru Terezu a vychovávali dceru Anny Šiškové Dorotu.
Je synem známého režiséra Juraje Nvoty, má tedy divadlo od malička v krvi. Už v době studia na trnavském gymnáziu založil se spolužákem Kamilem Žiškou Túlavé divadlo, soubor zaměřený na autorskou tvorbu, který funguje dodnes.
Jakub Nvota má coby syn herce a režiséra Juraje Nvoty režírování takříkajíc v genech. V českých divadlech připravil mnohá představení, včetně dramatizací slavných literárních děl jako Spalovač mrtvol, Osudy dobrého vojáka Švejka, Rozmarné…