Eleonora Magdalena se narodila jako nejstarší ze sedmnácti dětí pozdějšího falckého kurfiřta Filipa Viléma z falcko-neuburské větve rodu Wittelsbachů a jeho druhé manželky, hesensko-damstadtské princezny Alžběty Amálie.
Původně chtěla nejstarší dcera falckého kurfiřta Eleonora Magdalena vstoupit do kláštera. Když se ale 6. ledna 1655 narodila, určily jí hvězdy jiný osud.