Eleonora Magdalena se narodila jako nejstarší ze sedmnácti dětí pozdějšího falckého kurfiřta Filipa Viléma z falcko-neuburské větve rodu Wittelsbachů a jeho druhé manželky, hesensko-damstadtské princezny Alžběty Amálie.
Původně chtěla nejstarší dcera falckého kurfiřta Eleonora Magdalena vstoupit do kláštera. Když se ale 6. ledna 1655 narodila, určily jí hvězdy jiný osud.
Jejími sestrami byly Eleonora MagdalenaFalcko-Neuburská, Marie Žofie Falcko-Neuburská, Marie Anna Falcko-Neuburská a Dorotea Žofie Falcko-Neuburská, matka Alžběty Parmské.